Instructions préalables au tutoriel

Etre prêt pour le jour J

Besoin d’aide avant le jour J ?

Christophe sera présent un peu en amont le jour J (avant 10h donc) si jamais vous avez des problèmes à partager en amont du tutoriel.

Vous pouvez le contacter avant également: @cderv.

Il est aussi disponible sur grrr : communauté Slack francophone ouverte à tous, notamment aux débutants. Pour rejoindre les discussions, suivre le lien d’invitation

Avant le tutoriel, veuillez suivre les étapes suivantes :

Avant de venir

Configuration de votre environment:

• Téléchargez et installez les dernières versions de R, RStudio et Quarto :

  • Une version de R récente (4.2 ou plus) : https://cran.r-project.org
  • Dernière version de RStudio (2023.03.1+446 ou supérieur) : https://posit.co/download/rstudio-desktop
  • Derniere version de Quarto (1.3.361 ou supérieur) : https://quarto.org/docs/get-started

• Installez les paquets suivants :

  # Pour les exercices (dplyr et ggplot2 devraient être suffisant si vous ne voulez pas tout le tidyverse)
  pkg_list <- c("rmarkdown", "palmerpenguins", "gt", "tidyverse") 
  # R base
  install.packages(pkg_list)
  # ou pak
  pak::pkg_install(pkg_list)

Si vous préférez avoir les fichiers en local en avance:

• Téléchargez exercises.zip.
  Ce dossier compressé contient les différentes resources qui pourront être utiles pour les exercices. Décompressez-le sur votre bureau ou à un endroit que vous pouvez facilement le localiser sur votre ordinateur. Vous pourrez ainsi simplement copier coller au fil du tutoriel les fichiers dont vous aurez besoin.

• Téléchargez exemples-correction.zip.
  Il s’agit d’équivalent de corrections aux exercices - Ne pas regarder en avance si vous souhaitez vous exercez vraiment le jour J.
  Ce dossier compressé contient les différentes resources servant d’exemples et démonstrations. Décompressez-le sur votre bureau ou à un endroit que vous pouvez facilement le localiser sur votre ordinateur. Vous pourrez ainsi simplement copier coller au fil du tutoriel les fichiers dont vous aurez besoin.

Conseil

Créez un dossier dédié sur votre environment pour la tutoriel afin d’y stocker les exercices, vos notes et pouvoir faire les exercices dans un environnement sain.

Ne pas créer de dossier RStudio car nous allons créer différents projets pour les exercices, et créer des sous-projets RStudio ne fonctionne pas bien

Exemple d’organisation:

> tuto-quarto-RR-2023
|-- notes/
|-- exercices/
  |-- projet-rstudio1/
  |-- projet-quarto1/
|-- README.md (pour y noter le contexte de ce dossier)

À connaître (ou réviser) pour être à l’aise

Hypothèse pour le tutoriel : Vous connaissez R Markdown et vous connaissez la syntax Markdown.

• La syntaxe Markdown pour Pandoc

  • C’est la même que R Markdown :
    https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/markdown-syntax.html

  • Elle est rappelée aussi pour Quarto :
    https://quarto.org/docs/authoring/markdown-basics.html

• Inclure du code R avec knitr

  • Les chunks de code R :
    https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/r-code.html

  • C'est quoi un fichier R Markdown en fait :
    https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/rmarkdown-anatomy.html

Vérifier son setup

Quelques astuces pour vérifier son installation si vous avez installez quarto vous même:

• quarto check install doit fonctionner sans erreur

  $ quarto check install
  
    [>] Checking Quarto installation......OK
        Version: 1.4.146
        Path: C:\Users\chris\scoop\apps\quarto-prerelease\current\bin
        CodePage: 1252
  
    [>] Checking basic markdown render....OK

• quarto check knitr doit fonctonner sans erreur

  $ quarto check knitr
  
    (-) Checking R installation...........
  
    [>] Checking R installation...........OK
        Version: 4.2.2
        Path: C:/PROGRA~1/R/R-42~1.2
        LibPaths:
            - C:/Users/chris/AppData/Local/R/win-library/4.2
            - C:/Program Files/R/R-4.2.2/library
        knitr: 1.43
        rmarkdown: 2.22
  
    [>] Checking Knitr engine render......OK