Quarto : Késako ?

De R Markdown à Quarto pour aller plus loin avec ses publications

Christophe Dervieux

Posit

21 juin 2023

Préparatifs

Soyez prêt·e !

Configuration de votre environment:

• Téléchargez et installez les dernières versions de R, RStudio et Quarto :

  • Une version de R récente (4.2 ou plus) : https://cran.r-project.org
  • Dernière version de RStudio (2023.03.1+446 ou supérieur) : https://posit.co/download/rstudio-desktop
  • Derniere version de Quarto (1.3.361 ou supérieur) : https://quarto.org/docs/get-started

• Installez les paquets suivants :

  # Pour les exercices (dplyr et ggplot2 devraient être suffisant si vous ne voulez pas tout le tidyverse)
  pkg_list <- c("rmarkdown", "palmerpenguins", "gt", "tidyverse") 
  # R base
  install.packages(pkg_list)
  # ou pak
  pak::pkg_install(pkg_list)

Bienvenue

Informations

• Infos communiquées par l’organisation
• Repérez bien les sorties de secours !
• Les toilettes sont situées en dehors de l’amphi.

Code de Conduite

Les organisateur·rice·s des Rencontres R 2023 s’engagent à offrir une expérience de conférence sans harcèlement pour tous, quel que soit l’âge, le sexe, l’orientation sexuelle, le handicap, l’apparence physique, la race ou la religion (ou son absence).

À consulter sur: https://rr2023.sciencesconf.org/resource/page/id/10

Pourquoi vous parlez de Quarto ?

• Instructeur: Christophe Dervieux

  • Développeur Logiciel Open-Source à Posit
  • Ecosystème R Markdown et Membre de l’équipe de développement Quarto

• TA: Maëlle Salmon

  • Développeuse Open-Source, Bloggueuse (rOpenSci, cynkra, etc.)
  • Autrice de {babelquarto}, pour livres Quarto multilangues

• Les deux: développeur·euse·s R depuis plusieurs années, utilisateur·rice·s R Markdown et Quarto avancé·e·s

Rencontrez vos voisin·e·s

Prenez un peu de temps pour voir qui va pouvoir vous aidez à coté de vous!

Pour vous aider :

• Bonjour, moi c’est … et toi ?
• Depuis combien de temps connaissez vous R / R Markdown ?
• Est ce que vous avez déja utilisé Quarto ?

00:30

Comment cela va se passer ?

• Des parties présentations

• Des démos en directe que vous pouvez suivre aussi

• Des exercices à faire vous même

Obtenir de l’aide

• Pendant les parties non exercices, ou dans les transitions - levez la main

• Pendant les exercices – , mais utilisez aussi les autocollants pour vous signaler :

  • Rose : J’ai besoin d’aide !
  • Bleu : J’ai terminé !

On peut aussi grouper les questions à la fin des parties. Ou fin de sessions.

Je vais supposer que vous

• connaissez R Markdown avec knitr et la syntaxe Markdown,

• avez travaillé avec RStudio,

• voulez en savoir plus sur Quarto.

Je vais vous apprendre

• Syntaxe et formats Quarto,

• Evolution par rapport à R Markdown,

• Comment s’y retrouver pour aller plus loin avec Quarto.

Alors, Quarto: c’est quoi ?

Quarto …

• est un nouveau système de publication scientifique et technique Open-Source, basé sur Pandoc,
• est pensé et construit sur les +10 ans d’expérience avec R Markdown,
• ne demande pas une technologie particulière pour s’installer et fonctionner.

Illustration de la présentation “Hello, Quarto” par Julia Lowndes et Mine Çetinkaya-Rundel, présentée à la conférence RStudio 2022. Illustré par Allison Horst.

Comme R Markdown alors ?

• knitr -> 2011
• rmarkdown -> 2014

Comme R Markdown alors ?

Oui construit sur 10 ans de knitr + rmarkdown -> Même principe…

Comme R Markdown alors ?

…mais Quarto ouvre aussi de nouveaux horizons!

Exemple pour Jupyter et ipynb comme fichier d’entrée

Quarto …

unifie + étend l’écosystème R Markdown

Quarto …

unifie + étend l’écosystème R Markdown

unifie pour ceux qui aiment R Markdown

Quarto …

unifie + étend l’écosystème R Markdown

unifie pour ceux qui aiment R Markdown

étend pour les personnes qui ne connaissent pas R Markdown

Quarto unifie + étend R Markdown

rmarkdown ne disparaît pas !

L’écosystème R Markdown continue d’exister. Pas de deprecation en vue.

Illustration par Alison Hill and Allison Horst, pour RStudio.

Et plus concrètement ?

Quarto est une interface de ligne de commande (CLI) qui rend les formats de texte brut (.qmd, .rmd, .md) OU les formats mixtes (.ipynb/Jupyter notebook) en rapports statiques PDF/Word/HTML, livres, sites web, présentations et plus encore.

$ quarto --help

  Usage:   quarto
  Version: 1.3.361

  Description:

    Quarto CLI

  Options:

    -h, --help     - Show this help.
    -V, --version  - Show the version number for this program.

  Commands:

    render          [input] [args...]     - Render files or projects to various document types.
    preview         [file] [args...]      - Render and preview a document or website project.
    serve           [input]               - Serve a Shiny interactive document.
    create          [type] [commands...]  - Create a Quarto project or extension
    create-project  [dir]                 - Create a project for rendering multiple documents
    convert         <input>               - Convert documents to alternate representations.
    pandoc          [args...]             - Run the version of Pandoc embedded within Quarto.
    run             [script] [args...]    - Run a TypeScript, R, Python, or Lua script.
    add             <extension>           - Add an extension to this folder or project
    install         [target...]           - Installs an extension or global dependency.
    publish         [provider] [path]     - Publish a document or project. Available providers include:
    check           [target]              - Verify correct functioning of Quarto installation.
    help            [command]             - Show this help or the help of a sub-command.

Utilisable depuis vos outils préférés

Testons tout ça !

05:00

À faire ensemble

1. Ouvrir RStudio
2. Se placer dans un dossier vierge (ou où vous souhaitez)
3. Créer un nouveau document Quarto - vous pouvez l’appelez simple-document.qmd
4. Cliquer sur “Render”
5. Ouvrir le visual editor

simple-document.qmd est disponible pour téléchargement si besoin

Questions ?

Voyons maintenant pour passer de Rmd à Quarto et produire des documents …

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